تدور أحداث قصّة انمي Qualidea Code في مكانٍ ما في العالم أين يستمرُّ مجموعةٌ من أشخاصٌ بمقاتلة “المجهولين” -عدّو البشريّة- . و هم أطفالٌ تمّ إجلائهم إلى مرفق “النوم البارد” خلال إحتلال “المجهولين” لهم قبل عقودٍ من الزمن عندما أفاقوا من سباتهم ، إكتشفوا بأنّ أجسادهم قد قامت بتطوير بعضٍ من القوى الخارقة ، و من أجل حماية بلادهم من زحف “المجهولين” من بوّابة خليج طوكيو، يشنُّ الفتيان و الفتيات معارك في مدنِ دفاع طوكيو ، كاناغاوا و تشيبا .